Как держать таймлайн и текст в согласии
Здесь важно сразу снять ожидание: событие таймлайна не связано с файлом главы. Нажать на событие и попасть в сцену нельзя — у события есть название, описание, линия и период, и всё.
- 1
Держите схему и текст в согласии вручную.
- 2
Называйте события так же, как называется сцена или глава.
- 3
Ставьте периоды по тому же принципу, по которому делите книгу на части.
- 4
Сверяйтесь с таймлайном перед тем, как писать новую главу.

Приём, который работает
Назовите событие точно так же, как главу: «Глава 7. Штормовое предупреждение». Тогда поиск по книге найдёт обе сущности по одному запросу, а вы глазами увидите, где событие есть, а главы под него ещё нет.
Обратная проверка
Дописали часть — пройдитесь по таймлайну и отметьте, что из запланированного действительно вошло в текст. Расхождение между «задумано» и «написано» — это, как правило, и есть список того, что предстоит дописать.
Не пытайтесь вести таймлайн как второй экземпляр рукописи. Он полезен как схема: десятки событий с абзацами описания превращаются во вторую книгу, которую тоже надо поддерживать.
Структура самого текста живёт отдельно — в разделе «Файлы».